O presente artigo tem por objetivo principal identificar a função e a eficiência da auditoria interna, fluxos operacionais e controle de mercadoria no estoque físico a partir do controle informatizado. Com dados levantados pela análise de SWOT sobre a empresa com foco na área de fármacos, realizou-se uma pesquisa bibliográfica utilizando materiais como livros e artigos científicos. Destaca-se a pesquisa exploratória, sendo utilizada também a pesquisa descritiva, que tem como uma de suas tarefas específicas, a coleta de dados. Foram utilizadas 2 ferramentas da qualidade: Diagrama de Ishikawa e 5W2H. O resultado da análise constou que 4 de 10 dos produtos apresentavam divergências. A conclusão de estudo sobre o estoque da entidade, o qual é mediano e seus processos são efetuados por funcionários. Outro problema exposto é a questão das perdas, que com a alta rotatividade de pessoas no setor acaba ocorrendo. Com as incorreções encontradas na contagem de itens, observa-se que estas acabam causando impactos nos resultados, pois além da ausência dos produtos para efetivar as vendas, essas mercadorias faltantes devem passar por baixa de estoque, o que reduz a receita do período, resultando também na tributação do valor, para uma melhor análise e correção dos erros, é recomendável a introdução da auditoria interna, que irá promover um melhor controle para a empresa.

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